Mata pelajaran adalah unit organisasi Kompetensi Dasar yang terkecil. Untuk kurikulum SDI Al-Achfas Dwi Matra organisasi Kompetensi Dasar kurikulum dilakukan melalui pendekatan  terintegrasi (integrated curriculum). Berdasarkan pendekatan ini maka terjadi reorganisasi Kompetensi Dasar mata pelajaran yang mengintegrasikan konten mata pelajaran IPA dan IPS di kelas I, II, dan III ke dalam mata pelajaran Pendidikan Agama dan Budi Pekerti, PPKn, Bahasa Indonesia, Matematika, serta Pendidikan Jasmani, Olahraga dan Kesehatan. Dengan pendekatan ini maka struktur Kurikulum SDI Al-Achfas Dwi Matra menjadi lebih sederhana karena jumlah mata pelajaran berkurang.

Struktur kurikulum menggambarkan konseptualisasi konten kurikulum dalam bentuk mata pelajaran, posisi konten/mata pelajaran dalam kurikulum, distribusi konten/mata pelajaran dalam semester atau tahun, beban belajar untuk mata pelajaran dan beban belajar per minggu untuk setiap peserta didik.

Struktur kurikulum adalah juga merupakan aplikasi konsep pengorganisasian konten dalam sistem belajar dan pengorganisasian beban belajar dalam sistem pembelajaran. Pengorganisasian konten dalam sistem belajar yang digunakan untuk kurikulum yang akan datang adalah sistem semester sedangkan pengorganisasian beban belajar dalam sistem pembelajaran berdasarkan jam pelajaran per semester.

Struktur kurikulum adalah juga gambaran mengenai penerapan prinsip kurikulum mengenai posisi seorang peserta didik dalam menyelesaikan pembelajaran di suatu satuan atau jenjang pendidikan. Dalam struktur kurikulum menggambarkan ide kurikulum mengenai posisi belajar seorang peserta didik yaitu apakah mereka harus menyelesaikan seluruh mata pelajaran yang tercantum dalam struktur ataukah kurikulum memberi kesempatan kepada peserta didik untuk menentukan berbagai pilihan. Struktur kurikulum terdiri atas sejumlah mata pelajaran, dan beban belajar.

Tabel 1. Struktur Kurikulum

No Mata Pelajaran Alokasi Waktu Belajar Perminggu
I II III IV V VI
  Kelompok A
1 Pendidikan Agama dan Budi Pekerti 4 4 4 4 4 4
2 Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan 5 5 6 5 5 5
3 Bahasa Indonesia 8 9 10 7 7 7
4 Matematika 5 6 6 6 6 6
5 Ilmu Pengetahuan Alam - - - 3 3 3
6 Ilmu Pengetahuan Sosial - - - 3 3 3
  Kelompok B
1 Seni Budaya dan Prakarya 4 4 4 4 4 4
2 Pendidikan Jasmani Olahraga dan Kesehatan 4 4 4 4 4 4
  Muatan Lokal
1 Pendidikan Lingkungan dan Budaya Jakarta 2 2 2 2 2 2
  Muatan Sekolah
1 Bahasa Inggris 2 2 2 3 3 3
2 Bahasa Arab 2 2 2 2 2 2
3 TIK 2 2 2 2 2 2
  Jumlah Alokasi Waktu Perminggu 38 40 42 45 45 45

Selama masa pembelajaran jarak jauh struktur kurikulum mengalami modifikasi menjadi 2 jam pelajaran per minggu untuk semua muatan pelajaran.

Prinsip pengintegrasian IPA dan IPS di kelas I, II, dan III di atas dapat diterapkan dalam pengintegrasian muatan lokal. Kompetensi Dasar muatan lokal yang berkenaan dengan seni, budaya dan keterampilan, serta bahasa daerah diintegrasikan ke dalam mata pelajaran Seni Budaya dan Prakarya. Kompetensi Dasar muatan lokal yang berkenaan dengan olahraga serta permainan daerah diintegrasikan ke dalam mata pelajaran Pendidikan Jasmani, Olahraga dan Kesehatan.

Selain melalui penyederhanaan jumlah mata pelajaran, penyederhanaan dilakukan juga terhadap Kompetensi Dasar setiap mata pelajaran. Penyederhanaan dilakukan dengan menghilangkan Kompetensi Dasar yang tumpang tindih dalam satu mata pelajaran dan antarmata pelajaran, serta Kompetensi Dasar yang dianggap tidak sesuai dengan usia perkembangan psikologis peserta didik.

Di kelas IV, V, dan VI nama mata pelajaran IPA dan IPS tercantum dan memiliki Kompetensi Dasar masing–masing. Untuk proses pembelajaran Kompetensi Dasar IPA dan IPS, sebagaimana Kompetensi Dasar mata pelajaran lain, diintegrasikan ke dalam berbagai tema. Oleh karena itu, proses pembelajaran semua Kompetensi Dasar dari semua mata pelajaran terintegrasi dalam berbagai tema.

Mata pelajaran Seni Budaya dan Prakarya dapat memuat Bahasa Daerah. Selain kegiatan intrakurikuler seperti yang tercantum di dalam struktur kurikulum diatas, terdapat pula kegiatan ekstrakurikuler SDI Al-Achfas Dwi Matra antara lain Bahasa (English Club, Arabic Club, Iqro, Qiroat); Olahraga (Futsal, Taekwondo, Basket, Karate, Archery); Seni (Biola, Drawing, Dance, Saman, Silat, Marawis, Paduan Suara); dan Teknologi (Jarimatika, Kalibataku, Sains Terapan, Robotik, Komputer).

Mata pelajaran Kelompok A adalah kelompok mata pelajaran yang kontennya dikembangkan oleh pusat. Mata pelajaran Kelompok B yang terdiri atas mata pelajaran Seni Budaya dan Prakarya serta Pendidikan Jasmani, Olahraga, dan Kesehatan adalah kelompok mata pelajaran yang kontennya dikembangkan oleh pusat dan dilengkapi dengan konten lokal yang dikembangkan oleh pemerintah daerah. Satuan pendidikan dapat menambah jam pelajaran per minggu sesuai dengan kebutuhan peserta didik pada satuan pendidikan tersebut.