Sekolah Dasar Islam Al-Achfas Dwi Matra berdiri sebagai bentuk kepedulian dan perjuangan para pendiri Yayasan Dwi Matra (YDM), Ir. H. M. Suyuti dan pendiri Yayasan Al-Ma’arif Bina Bersama (YABB), H. Achfas bin H. Subuh terhadap kemajuan dan masa depan umat Islam.

Dalam menjalankan kebijakannya, YDM dan YABB pada tahun 2004 sepakat membentuk Badan Pelaksana Harian Kerjasama Pendidikan (BPHKP) Al-Achfas Dwi Matra yang secara kolektif mengelola SDI Al-Achfas Dwi Matra. Dari YDM diwakili oleh Drs. H. Sadikin AH, adapun dari YABB diwakili oleh H. Zainuddin H. Achfas. Sejak berdiri sampai saat ini, sekolah yang dipimpin oleh H. Muammar Khadafi, B.Sc. M.A., bertujuan menjadi sekolah yang unggul dengan kekuatan kemandirian yang berbudaya islami.

Sekolah ini telah diakreditasi dengan peringkat A+ pada tahun 2019. Sejumlah prestasi akademik dan non akademik telah diraih oleh siswa-siswi dan guru. Atas izin Allah SWT, berdirinya sekolah ini mendapat respon positif dari umat dan masyarakat. Terbukti dalam rentang 16 tahun jumlah siswa sekolah ini tumbuh dengan cepat.